本站于2003年建立了实验室质量体系，2004年2月25~29日，通过了国家计量认证海洋评审组的首次评审，取得了中华人民共和国计量认证合格单位资格。2007年11月25~27日，通过了《实验室资质认定》国家海洋评审组的监督扩项和转版评审。2009年3月，通过了《实验室资质认定》国家海洋评审组的复查评审。2010年12月，通过了《实验室资质认定》国家海洋评审组的监督评审。2012年5月，通过了《实验室资质认定》国家海洋评审组的复查评审。2015年5月，通过了《检验检测机构资质认定》国家海洋评审组的复查评审。2016年12月，通过了海洋检验检测机构资质认定专项监督检查。2019年8月19日顺利通过了国家级资质认定检验检测机构“双随机”监督抽查组对我站计量认证质量体系运行情况的现场检查。2021年7月，辽宁省海洋水产科学研究院（辽宁省海洋环境监测总站）通过了《检验检测机构资质认定》国家海洋评审组的复查评审（证书编号：210012094516），目前通过认证的检测项目共6大类117项，涵盖物理海洋、海洋化学、海洋生物生态、海洋地质、海洋测绘和其他等方面。